Magister Sistem Informasi (MS) Unikom adalah Program Studi S2 Sistem Informasi di Universitas Komputer yang berdiri pada tanggal 12 Mei 2009 yang dikukuhkan dengan SK DIKTI No. 1861/D/T/2009. Saat itu MSI berada di bawah Direktorat Pascasarjana UNIKOM bersama-sama dengan Program Studi Magister Manajemen yang sudah berdiri setahun sebelumnya. Saat itu bidang keminatan yang diusung ada dua yaitu Business Information System (BIS) dan Enteprise Information System (EIS).
Ketua Program Studi yang pertama saat itu adalah Ibu Dr. Janivita Joto Sudirham, ST,M.Sc. (masa jabatan 2009-2012)
Pada tahun 2010, Direktorat Pascasarjana menjadi Fakultas Pascasarjana UNIKOM. Ketua Program Studi berikutnya adalah Dr. Yeffry Handoko Putra, S.T, M.T (Masa jabatan 2012-2022). Pada tahun 2014 keminatan yang ditawarkan MSI diubah menjadi (1) Enterprise Architect dan (2) Information System Auditor
dengan mengacu pada kurikulum ISACA (Information Systems Audit and Control Association) dan sertifikasi enterprise architecture (CEAP). Sesuai dengan perkembangan jaman, pada tahun 2020 Keminatan yang ditawarkan MSI dikemas kembali menjadi (1) Enteprise Architecture and IS Auditor (2) Data Science and Business
Ketua Program Studi Magister Sistem Informasi Sepanjang Masa
